La conexión de las redes española y francesa por la Jonquera ofrecía a la ciudad de Figueres la posibilidad de aparecer en el mapa europeo de las ciudades con estación para el TAV. La discusión sobre el paso de la vía giró en torno a la posición del mismo, a poniente, a levante o soterrado por la traza actual. En una última fase se elaboró un proyecto de cooperación transfronteriza (INTERREG) y un Plan para la apertura de la Avinguda de la Nova estació. 

En 2000 se inician los trabajos entre la UPC y el Ayuntamiento de Figueres en torno a las nuevas infraestructuras ferroviarias, sus oportunidades y los cambios que generan en el territorio. Se presentan diversas propuestas y se ponen en relieve problemas. Posteriormente, en 2001, se inicia la revisión del PGOU de Figueres, que debía recoger las trazas de las nuevas infraestructuras propuestas y los nuevos planeamientos alternativos. Se elaboró en paralelo un trabajo sobre la estrategia urbana a seguir con la participación de tres universidades, UPC, UB y UdG, y los Servicios Técnicos Municipales. Durante la redacción de los trabajos el Ayuntamiento negoció la posición de las infraestructuras y la estación, sin caer en el error de equiparar su situación a la de otras grandes ciudades europeas con estación de TAV; algunos casos se habían estudiado y comparado en informes previos y se llegó a la conclusión de que en las ciudades pequeñas no es tan necesaria la posición central de la estación sino que, como condición esencial, ésta debe estar bien conectada tanto con el centro como con el territorio que la rodea. Se pensó que si la línea del TAV se utilizaba para trenes regionales de alta velocidad y para el transporte de mercancías se abriría un abanico de posibilidades. La viabilidad del proyecto estaba relacionada con la capacidad de atraer a usuarios; una capacidad que iría en aumento si se optimizaba la accesibilidad territorial e intermodalidad de la estación, así como su relación con la propia ciudad y su entorno. La estación debería ser mixta, para el TAV y el tren convencional, a la vez que la cabecera del tren regional de alta velocidad y el futuro tren trasversal.