La connexió de les xarxes espanyola i francesa per la Jonquera oferia a la ciutat de Figueres la possibilitat d'aparèixer en el map europeu de les ciutats amb estació per al TAV. La discusió sobre el pas de la via va girar al voltant de la posició que havia d'ocupar, a ponent, a llevant o soterrada per la traça actual. En una darrera fase es va elaborar un projecte de cooperació transfronterera (INTERREG) i un Pla per a l'obertura de l'avinguda de la Nova Estació. 

L'any 2000 es van iniciar els treballs entre la UPC i l'Ajuntament de Figueres per a les noves infraestructures ferroviàries, les seves oportunitats i els canvis que generen en el territori. Es presenten diverses propostes i es posen en relleu problemes. Posteriorment, l'any 2001 es va iniciar la revisió del PGOU de Figueres, que havia de recollir les traces de les noves infraestructures proposades i els nous planejaments alternatius. Es va elaborar en paral·lel un treball sobre l'estratègia urbana a seguir amb la participació de tres universitats, UPC, UB i UdG, així com dels Serveis Tècnics Municipals. Durant la redacció dels treballs, l'Ajuntament va negociar la posició de les infraestructures i l'estació, sense caure en l'error d'equiparar la seva situació a la d'altres grans ciutats europees amb estació de TAV; alguns casos s'havien estudiat i comparat en informes previs i es va concloure que en les ciutats petites no era tan necessària la posició central de l'estació, sinó que de forma essencial aquesta havia d'estar ben connectada tant amb el centre com amb el territori que l'envoltava. Es va pensar que si la línia del TAV s'utilitzava per a trens regionals d'alta velocitat i per al transport de mercaderies s'obriria un ventall de possibilitats. La viabilitat del projecte estava relacionada amb la capacitat d'atraure usuaris; una capacitat que aniria en augment si s'optimitzava l'accessibilitat territorial i intermodalidad de l'estació, així com la seva relació amb la pròpia ciutat i el seu entorn. L'estació hauria de ser mixta, per al TAV i el tren convencional, a la vegada que la capdevantera del tren regional d'alta velocitat i el futur tren transversal.